Για να δημιουργηθεί ένας καρκινικός όγκος, θα πρέπει να συντελεστεί μια σειρά διεργασιών.
Τα μεταλλαγμένα κύτταρα θα πρέπει:
1. να διατηρούν τη σηματοδότηση
πολλαπλασιασμού
2. να διατηρούν την αστάθεια του
γονιδιώματος
3. να διατηρούν την απορρύθμιση της
διαχείρισης της ενέργειας
4. να διαφεύγουν τη συνεχή καταστολή της
ανάπτυξης του όγκου από τους αμυντικούς μηχανισμούς του οργανισμού
5. να αποφεύγουν την ανοσολογική επίθεση
6. να αντιστέκονται στους μηχανισμούς
κυτταρικού θανάτου
7. να ενεργοποιούν μηχανισμούς
αναπαραγωγικής αθανασίας
8. να προκαλούν ένα φλεγμονώδες
περιβάλλον
9. να ενεργοποιούν τους μηχανισμούς
διείσδυσης και μετάστασης
10. να προκαλούν την αγγειογένεση.
Αυτές οι δέκα διεργασίες είναι γνωστές ως «σφραγίδες του καρκίνου» (Hallmarks of Cancer) κι είναι απαραίτητες για την επιβίωσή του.
Συνήθως χρειάζονται πολλές μεταλλάξεις σε διάφορα γονίδια, για να αποκτήσει το κύτταρο όλα τα χαρακτηριστικά του καρκίνου. Ωστόσο, υπάρχουν κάποιες «μεταλλάξεις-κλειδιά» που μπορούν να οδηγήσουν το κύτταρο σε ανεξέλεγκτο πολλαπλασιασμό. Αυτά τα μεταλλαγμένα γονίδια λέγονται «γονίδια-οδηγοί» (driver mutation) κι οι καρκίνοι που φέρουν τέτοιου είδους μετάλλαξη θα είναι «εθισμένοι σε αυτή τη μετάλλαξη» (addiction to oncogenes). Η σημασία αυτής της τελευταίας ιδιότητας είναι ότι μπορεί να χορηγηθεί φάρμακο που καταστέλλει τη συγκεκριμένη μετάλλαξη, οδηγώντας τα καρκινικά κύτταρα σε θάνατο.
Η θεωρία της αποδιαφοροποίησης υποστηρίζει ότι ένα φυσιολογικό, διαφοροποιημένο κύτταρο, αποκτά τυχαίες μεταλλάξεις κι επιστρέφει σε μορφές ολοένα και πιο κοντινές στο εμβρυϊκό κύτταρο (το αρχικό κύτταρο από το οποίο προέρχεται κάθε άνθρωπος), εμφανίζοντας ανώριμα χαρακτηριστικά που θα επιτρέψουν τη δημιουργία του σαρκώματος. Αυτό απαιτεί έναν εξωτερικό παράγοντα που προκαλεί τις εν λόγω μεταλλάξεις. Έτσι θα εξηγείτο πώς από το λίπος, για παράδειγμα, αναπτύσσονται τα λιποσαρκώματα.
Η θεωρία της εκ γενετής προΰπαρξης υποστηρίζει ότι οι τυχαίες μεταλλάξεις σε ογκογονίδια ή/και σε γονίδια καταστολής του όγκου γίνονται σε κύτταρα του μεσοδέρματος κατά τη διαδικασία της διαφοροποίησης (της διαδικασίας μετασχηματισμού του κυττάρου από εμβρυϊκό κύτταρο σε κύτταρο με την τελική του μορφή, που γίνεται στη 2η εβδομάδα της κύησης). Το εμβρυϊκό, μεταλλαγμένο κύτταρο θα παραμένει «κοιμισμένο» σε αυτή τη μορφή, έως ότου κάποιο γεγονός το «ξυπνήσει». Έτσι θα εξηγείτο η εμφάνιση σαρκωμάτων χωρίς γνωστό κύτταρο προέλευσης, όπως τα σαρκώματα Ewing και τα σαρκώματα σχετιζόμενα με οικογενειακό καρκίνο.
Περίπου το ένα τρίτο των σαρκωμάτων φέρνει μια συγκεκριμένη μετάλλαξη που είναι μοναδική για τη διάγνωση, επαναλαμβάνεται σε όλα τα κύτταρα και σε όλα τα άτομα με αυτή τη διάγνωση και δεν προκαλεί διαταραχές στην ποσότητα του γενετικού υλικού του κυττάρου. Αυτή η ομάδα λέγεται «σαρκώματα με απλό γονιδίωμα». Οι εν λόγω μεταλλάξεις είναι εξαιρετικοί διαγνωστικοί παράγοντες και μπορούν να καταστούν καλοί θεραπευτικοί στόχοι.
Τα τελευταία χρόνια, η βελτίωση στις τεχνικές που χρησιμοποιούμε στα εργαστήρια έχει ανακαλύψει νέες μεταλλάξεις αυτού του τύπου, προκαλώντας επανάσταση στην ταξινόμηση των σαρκωμάτων. Για τον λόγο αυτόν, οι βιοψίες των ασθενών με σάρκωμα θα έπρεπε να ελέγχονται για ενδεχόμενες διαγνωστικές μεταλλάξεις. Ο ιατρός εξειδικευμένος στα σαρκώματα θα προσδιορίσει σε ποιες περιπτώσεις αυτός ο έλεγχος είναι απαραίτητος και μπορεί να αποδώσει ένα αξιολογήσιμο αποτέλεσμα. Επισημαίνεται ότι λίγα είναι τα σαρκώματα που φέρουν στοχεύσιμες μεταλλάξεις και να ελέγχονται όλες οι βιοψίες για ενδεχόμενες, άστοχες μεταλλάξεις, δε συνιστά καλή πρακτική.
Τα υπόλοιπα δυο τρίτα των σαρκωμάτων κατατάσσονται στην ομάδα «σαρκωμάτων με πολυσύνθετο γονιδίωμα». Αυτά τα σαρκώματα έχουν πολλαπλές και πολυσύνθετες μεταλλάξεις κι η ανάλυσή τους δεν προσφέρει κάποια βοήθεια στη διάγνωση ή γενικώς, στην επιλογή θεραπειών.